Основата на музейното дело във Варна е поставена през 1887 г. Тогава група учители от варненската Мъжка гимназия под ръководството на К. Шкорпил и Ан. Явашов създават дружинка за събиране на археологически материали от града и неговите околности. На 3 юни 1888 г. Общинският съвет взема решение да се уреди музей към Градската библиотека. За основа на сбирката послужили вече събраните материали в Мъжката гимназия и предметите, намерени при строителството на жп линията Разделна–Девня. През 1892 г. МНП нарежда фондът на музейната сбирка да се изпрати в София за създаването на централен музей. Въпреки съпротивата на варненската община през 1893 г. Всички материали са изпратени в София. През 1894 г. К. Шкорпил се завръща като учител във варненската Мъжка гимназия и подема инициативата за уреждане на нова музейна сбирка. На следващата година (1895) тя се пренася в сградата на новопостроената Девическа гимназия.

Много важна роля за разрастването на археологическата сбирка има създаването на Варненското археологическо дружество (ВАД) на 12 декември 1901 г. Още на учредителното събрание се взема решението дружеството да направи всичко необходимо за организиране на градски музей, който да издирва, съхранява и изучава паметниците от миналото на Варненски окръг. Това решение не се приема с охота от Централното археологическо дружество в София и от МНП. Възникват редица разногласия между местните дружества и София по въпроса имат ли право в провинцията да създават музеи. Това е и едно от условията ВАД да приеме да стане клон на Централното археологическо дружество в София. В резултат на продължителни преписки през 1902 г. МНП отпуска една стая във варненската Девическа гимназия за съхраняване на събраните старини. В същото време д–р Ив. Басанович като общински съветник и член на ВАД подема инициативата за създаване на градски музей. В резултат на 5 юни 1902 г. Общинският съвет утвърждава проектоустава на Варненския археологически музей. Осигуряването на необходимите помещения се протака дълго време от МНП и остава да съществува само археологическа сбирка в сутеренните помещения на Девическата гимназия с уредник К. Шкорпил и трима помощници–членове на дружеството.

Варненският археологически музей е създаден от Варненското археологическо дружество по инициатива на Карел и Херман Шкорпил. Първата експозиция е открита на 11 юни 1906 г. в сградата на Девическата гимназия, в която музеят се помещава и днес. Негов пръв директор става Карел Шкорпил, който остава на този пост до смъртта си през 1944 г.

През 1945 г. Варненският археологически музей е национализиран, а през 1952 г. е преместен в самостоятелна сграда - дотогавашно училище на улица „Шейново“ №5. През 1983 г. той е върнат в първоначалната си сграда.

Днес Варненският археологически музей е сред най–големите музеи в страната. В него се съхраняват едни от най–забележителните и ценни паметници на световната култура. Той се превърна в културен и научен център с много висококвалифицирани специалисти. Варненският археологически музей е сред Стоте национални туристически обекта.
Музеят и неговите колекции представят България на десетки национални и международни изложби. Със свои самостоятелни изложби е гостувал на прочути музеи във Франция, Германия (два пъти), Япония, Израел, Италия и на световните изложения в Севиля (Испания)–1992 г., и Лисабон (Португалия)–1998 г. Паметниците от експозицията и фондовете на музея са база за работа на редица наши и чужди специалисти. Експонатите и музейните обекти Аладжа манастир и Римски терми са едни от най-посещаваните от хилядите туристи на Българското Черноморие.

Експозиция
Експозицията е подредена хронологически, като са показани последователно материали от различните исторически епохи, проследяващи развитието на човешкото общество в продължение на хилядолетия в района на Варна.
Основно внимание е отделено на развитието на град Одесос - Варна - от неговото създаване през Ранната Античност до Късното Средновековие.

- Праистория
-- Старокаменна и среднокаменна епоха до 8 хилядолетие пр.н.е.
-- Каменно-медна епоха - ранна фаза 5 хилядолетие пр.н.е.
-- Каменно-медна епоха - късна фаза втора половина на 5 хилядолетие пр.н.е.
-- Ранната култура на траките 3200 пр.н.е. - 500 пр.н.е.
-- Варненски енеолитен некропол

- Античност
--Създаването на Одесос 6 век пр.н.е. - 4 век пр.н.е.
--Одесос през Елинистичната епоха средата на 4 век пр.н.е. - средата на 1 век пр.н.е.
-- Религия и погребални обичаи 1 век - 4 век
-- Съкровищница 4 век пр.н.е. - 6 век
-- Одесос по време на римското владичество 1 век - 3 век
-- Антично изкуство 5 век пр.н.е. - 3 век
-- Одесос и неговият район през Късната Античност 4 век - началото на 7 век
-- Раннохристиянският Одесос 4 век - началото на 7 век

- Средновековие
-- Варненският район през Първото българско царство 7 век - 11 век
-- Възраждането на градския живот във Варна 11 век
-- Варна по време на Второто българско царство 12 век - 14 век
-- Варна през XIV-XVIII век 14 век - 18 век
-- Средновековна съкровищница 13 век - 14 век

- Църковно изкуство
-- Църковни утвари XVII-XIX век 17 век - 19 век
-- Икони от XVI-XVIII век 16 век - 18 век
-- Икони от Българското Черноморие от XIX век 19 век
-- Икони от тревненски зографи 19 век
-- Дърворезба от тревненски майстори 19 век


* Работно време
- Зиме: 10.00 ч. до 17.00 ч
Почивен ден: Неделя и Понеделник
- Лете: 10.00 ч. до 17.00 ч
Почивен ден: Понеделник

* Музей, музеи, мезйна експозиция, забележителност, забележителности, археология, варненски археологичен музей, забележителности гр. Варна & България.